TKQ Arrahman menggunakan metode Iqra’ dalam pembelajaran membaca Al-Qur’an. Santri belajar bertahap dari pengenalan huruf hijaiyah, jilid demi jilid, tanpa melompati tahapan. Setiap kemajuan dicatat sehingga bacaan yang belum lancar diperbaiki lebih dahulu sebelum santri naik ke tahap berikutnya.
Pendekatan ini dipadukan dengan CBSA (Cara Belajar Santri Aktif). Santri tidak hanya menyimak, tetapi membaca nyaring, menyetorkan hafalan surah pendek, dan mempraktikkan gerakan ibadah langsung di depan pengajar. Dengan hanya dua rombongan belajar, koreksi bacaan dapat diberikan secara lebih dekat kepada setiap santri.
Pembelajaran mengacu pada Kurikulum TKA/TKQ dan TPA/TPQ Pendidikan Diniyah dan Pondok Pesantren, Direktorat Jenderal Pendidikan Islam Kementerian Agama RI tahun 2013.